今日如何設計庭院(如何設計引物)

導讀大家好,小良來為大家解答以上問題。如何設計庭院,如何設計引物很多人還不知道,現在讓我們一起來看看吧!1、首先要拿到自己要設計引物的...

大家好,小良來為大家解答以上問題。如何設計庭院,如何設計引物很多人還不知道,現在讓我們一起來看看吧!

1、首先要拿到自己要設計引物的目的基因。

2、這里我使用一段GFP基因給大家講解。

3、將目的基因保存在txt文檔里面,或者直接復制下來后在DNAMAN里面新建文檔復制進去。

4、下面是我們要設計引物的GFP基因序列。

5、打開DNAMAN,選擇菜單里面的Primer-->Load Primer-->From Input。

6、將上一步中的目的基因序列從開頭開始的20個左右的堿基復制粘貼進去(引物長度要在15—30bp之間,常用的是18-27bp),比如我們先試試前20個堿基是否合適,將ATTGATGTGATATCTCCACT這20個堿基復制粘貼進去,點擊OK。

7、再次點擊Primer,選擇Melting Temperature,打開對話框。

8、這里面可以看到你的堿基序列,個數以及Thermo,也即Tm值,是溶解溫度。

9、Tm值一般在55℃到70℃之間比較好,PCR儀的退火溫度一般設定比primer的Tm低5℃(不過一般情況我們都設定為55℃,因此Tm值在60左右比較好)。

10、從上圖可以看到我們這20個堿基的Tm值只有49度,顯然太低,需要增加堿基數量。

11、我們取前24個堿基粘貼進去,點擊下方Show Tm便可以看到這個引物的Tm值,發現是60.3度,很合適,就用這個了。

12、這樣正向引物就設計完了,把這24個堿基序列保存下來。

13、設計反向引物需要將目的基因序列進行反向互補,然后按照正向引物一樣的方法設計便可。

14、反向互補操作可以在DNAMAN里面快速方便進行。

15、打開DNAMAN,選擇左側第一個Channel,然后點擊菜單欄的Sequence-->Load Sequence-->From Sequence File…將我們保存目的基因的txt文檔導入到軟件中。

16、【打開txt文檔的時候記得在打開窗口中的文件類型里面選擇All Files】可以看到序列被導入到了第一個Channel,雙擊這個Channel便可以看到我們的序列的詳細信息。

17、保持Channel 1選中的狀態,選擇Sequence-->Display Sequence,打開對話框。

18、選擇對話框中的Reverse Complement Seq,其他的復選框都取消。

19、然后點擊OK。

20、這樣就可以看到目的基因的反向互補序列了。

21、對這個反向互補序列進行和上面設計正向序列引物一樣的操作,設計引物便可。

22、具體的不再啰嗦,我直接把我的設計結果告訴大家:選擇前24個堿基,也即TCAAAGATCTACCATGTACAGCTC,Tm值為57.6,比較合適。

23、到此引物設計就結束了。

24、拿著剛才設計的正向引物和這里設計的反向引物就可以找公司幫我們合成引物了。

25、至于拿到引物后如何使用PCR儀擴增目的基因,相信大家實驗室都有會操作的人,簡單教一下就會知道。

26、如果有不知道的可以在這個經驗下面提問我,我可以根據情況再寫一篇如何使用PCR儀的經驗。

本文到此結束,希望對大家有所幫助。

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