亂世之中，那些掙扎在社會底層的人們，時時痛念那些因戰亂、天災而暴死的親人，祈求他們的靈魂能夠得到安寧，更希望那些冤魂不要來打擾自己的生活，將他們不幸的陰影投射到自己和后代身上。他們更想求得自身的幸福和躲避悲慘的命運，這種愿望，在長期大戰及連年的災害之后顯得更加強烈。
傳統的“方術”，在這方面滿足了一部分大眾的需求。從前面介紹的那些傳統“方術”中，我們不難看出，它們具有安慰、救濟死者靈魂、驅鬼降魔、預測生者未來、求得現世幸福等功效。其中“巫蠱”之術，還能滿足弱勢群體以弱勝強的心理需求。傳入不久的佛教，在此時雖然還沒有太多的理論成分，尚混同于“方術”，但其思想當中，顯露出特有的慈悲、平等精神，已備受中國人的喜愛。因為“方術”背后，沒有同情與關愛，它像一種單純的“技巧”，不管你是什么人，想求得什么利益，只要你參加祭祀，按照方士們提供的程序去做，“鬼神”都會幫助你。神秘的背后，似乎只是接受了祭祀的“神鬼”們例行公事地完成義務——這很符合中國人送禮、走后門，以得到某種利益的傳統心理。佛教的慈悲與人情味，卻讓痛苦不安的中國人多少體會到一點正義與平等。善惡有報的說法，也讓那些需要得到同情與關懷的人們，感受到心靈的慰藉。佛教在這個時候，逐漸開始獨立出來，隨著佛教經典的慢慢豐富，佛教教理日趨明朗。
東漢末年，剛剛形成的道教，很快被利用來投入到一場試圖推翻漢政府的宣傳與組織中去。太平道領袖張角及其集團，以“符水”、“咒說”治病，登高一呼，很快得到民間的廣泛信仰，迅速形成一個龐大的宗教體系。他們利用陰陽五行及讖言等“方術”進行反政府宣傳，讓人們相信黃色的“土德”必然取代赤色的“火德”。經過一場激動人心的蠱惑后，這一宗教體系，迅速轉化為一個“準軍事”組織。公元184年，孕育已久的黃巾暴動開始了。就在162年前(王莽地皇三年，公元22年)，東漢的建立者光武帝劉秀起兵時曾以“火德”自命，按照五行學說來解釋，替代“火德”的應是“土德”。因此，張角領導的反政府武裝，就以黃色為服色(被稱作黃巾軍)，代表將要取代東漢王朝的“土德”。但是，這場由“暴民”組織起來的暴動持續了幾個月后，即宣告失敗。
道教也因這次暴動受到嚴重影響，一蹶不振。道教的緊急剎車，給佛教的迅速發展提供了良機：它開始向民間傳播，經過三國時期，逐步發展成當時中國盛行的宗教。
《周書·武帝紀》記載，事情解決后，就在他開始親政的第二年(公元573年，建德二年十二月)，又將群臣、沙門、道士等，召集到一起，再次排列“三教”的順序。這次，經歷了長時間的相互辯論，結果是儒教為先、道教為次，佛教最后。這個結果，使皇帝陛下感到滿意。他明白，該到收場的時候了！但是，為了讓更多的人看到皇帝陛下的大度與公平，他還是謹慎地給了佛、道兩家一次單獨辯論的機會。皇帝陛下耐心地給了辯論雙方5個月的準備時間。據《續高僧傳·智炫傳》記載，建德三年(公元574年)五月，皇帝親自“鳴鑼開市”，于太極殿中，命僧人與道士辯論二教的優劣，結果道士敗下陣來。皇帝對這一結果感到震驚，于是，以裁判員的姿態自升高座，很不客氣地指責佛法“不凈”，主辯的僧人顯然也很激動，馬上指責道法更為“不凈”。
就在這一辯論結束的第二天，皇帝作出了震驚朝野的決定：將佛教與道教一同取締，僧、道還俗，毀滅經、像，儒家禮典范圍以外的一切宗教活動一律禁止。原屬寺院、道觀的所有財產分給臣下，寺院、塔廟充作王公私產。這樣一來，佛道兩家各打五十大板，誰也沒話說。信奉佛、道的王公大臣們，因為分得寺院、道觀的財物和原屬佛、道二教的建筑等房地產業，也都各自歡喜，早將信仰之事忘到腦后。還俗的僧人、道士則一律被充作平民。此舉贏得了頗為顯著的社會效應，種地的人多了，納稅、服徭役的人也就多了。據《釋任道林辯周武帝除佛法詔》記載說，周武帝對自己的這一政績頗感驕傲，曾得意地自夸道：“自從廢棄佛教以來，民眾的徭役(指人均投入的徭役)減輕，租調(稅收)年增，軍隊數量增長，士氣日盛，東取齊國、西進妖戎之地，國泰民安，這不是件好事嗎！”
與北魏太武帝不同，周武帝不動刀兵、不殺一人，全國上下迅速展開滅佛運動，成效顯然、成績突出，沒有造成太多的負面影響。為了彰顯皇帝陛下的公正立場，道教在這次運動中顯然充當了犧牲品的角色。從周武帝對這次滅佛運動的謹慎態度看，當時佛教的勢力確實相當巨大，以至于為了禁斷佛教，不得不以犧牲道教為手段。通過觀察，我們發現滅佛、道二教，并不是周武帝的根本目的。在他看來，佛、道并不是他一道行政命令就可以徹底消滅的。他更想得到的，是那些寺院里的人和屬于寺院的大量土地。3年后(公元577年)，當他滅掉北齊后，這個愿望得到了更大的滿足。其境內4萬座佛寺，在他一聲令下后，被通通拆除。而更大的收獲，是300萬僧尼被迫還俗充實到軍、民中。為此，政府戶籍登記部門，著實忙碌了好大一陣子！
但是，周武帝心里很清楚，在這個亂世里，僅僅倚重儒家的經世之學，并不足以達到安定目的。所以，就在他下詔禁斷佛、道二教后1個月零12天(公元574年，六月二十九日)，再次下詔，在朝廷中組建了一個新的政府部門，叫做“通道觀”。為此專門設立“學士”，對“三教”進行“會通”。召集佛道二教的名人學士120人，宣講儒、道經典，大做起“會通”三教的工作。這個臨時成立起來的機構，非常類似上世紀下半葉的“五七干校”。其目的很簡單，就是用儒、道思想，改造佛教人士，使他們放棄“舊思想”，接受“再教育”。
只是，這場“文化革命”的壽命實在太短，周武帝還沒來得及將這場“革命”進行到底，就于宣布“滅佛”的4年后(公元578年)駕崩。宣、靜二帝先后即位，開始在小范圍內恢復佛、道二教。歷史的“輪回”，又一次重復了昨天的故事。 事實證明，即使以皇帝的權威，調動一切可以調動的力量，想要消滅一種文化或者宗教，即便當時的效果非常顯著，但終究不能長久。北魏太武帝如此，北周武帝同樣如此。兩年后(公元580年)，靜帝駕崩，帝國皇后的娘家親戚楊堅主持朝政，再次將興佛運動推向高潮。1年后，這位國舅干脆廢周建隋，史稱文帝。這場興佛運動，也因此一直延續到一個新的王朝。
與北朝佛教命運的激烈動蕩相比，南朝佛教的發展顯得非常平穩。梁武帝之前的宋、齊兩代，王朝壽命都不長，再加上國力不足，因此佛教的發展并不迅速。隨著梁武帝的即位，佛教在南朝迎來了一次難得的發展機遇。相對于北朝來說，南朝帝國內部政局相對平穩，民族關系簡單。佛教得以生存和發展，還有一個更加重要的原因，那就是它能在這個動蕩的亂世里，給予上至皇帝、王公貴戚，下至官吏、百姓，那些不安的心靈，以慈悲的撫慰。整個南北朝時期，佛教有如此驚人的發展速度，確實與當時特殊的社會背景相關。這促使我們不得不懷著復雜的心情，去回顧那段中國歷史上少有的、令人發指的黑暗時期。